El decreto que suprimía la Real y Pontificia Universidad, sin embargo, no significó su extinción, pues la misma fue restablecida en el año de 1834, con el nombre de Universidad Pontificia y Nacional, una vez que el Vicepresidente Gómez Farías fue expulsado del poder. Posteriormente, la constante lucha entre liberales y conservadores llevó a que la Universidad fuera cerrada y abierta varias veces, hasta que Maximiliano la clausuró de manera definitiva el 30 de noviembre de 1865.
En forma paralela a los avatares sufridos por la Universidad Pontificia el siglo XIX, poco después de consumada la independencia en los estados nacieron instituciones de estudios superiores que pretendían innovar la educación haciendo énfasis en la enseñanza de las ciencias modernas y en el estudio de las lenguas vivas. Así, por ejemplo, en 1826 se creó el Instituto de Ciencias de Jalisco, mientras que en 1827 se fundaron, el Instituto de Ciencias y Artes de Oaxaca, el Instituto Literario del Estado de México y el Colegio del Estado de Guanajuato. Los institutos de educación de los estados, sin embargo, sufrieron con la inestabilidad política del país y no prosperaron sino hasta que el país se pacificó en la segunda mitad del siglo XIX y se deslindaron de la herencia educativa de la colonia.
En San Luís Potosí, el Gobernador del Estado Vicente Chico Séin creó en 1859, hoy hace 150 años, el Instituto Científico y Literario que, sin embargo, inició operaciones sólo hasta el 23 de mayo de 1861 una vez finalizada la Guerra de Reforma. Posteriormente, el Instituto cerró sus puertas entre 1863 y 1867 a causa de la intervención francesa. La misión del Instituto era básicamente la formación profesional y en 1862 se establecieron los requisitos para los estudios preparatorios y para las carreras de Licenciado en Jurisprudencia, Ingeniero de Minas, Ingeniero Topógrafo, Ingeniero Civil y Medicina.
En 1904, según datos del director del Instituto de la época citados por María Gabriela Torres Montero en su libro “Los primeros pasos de la autonomía universitaria en San Luís Potosí, 1922-1994”, el Instituto tenía una matrícula de 150 estudiantes -148 hombres y dos mujeres-, de los cuales ese año se graduaron diez -dos abogados, seis médicos, una partera y un ensayador de metales. Para 1909 la matrícula había crecido a 257 con 19 graduados -diez abogados, un médico, un farmacéutico, cinco profesores de obstetricia, un ensayador de metales y un ingeniero topógrafo.
El 10 de enero de 1923, durante el gobierno de Rafael Nieto, el Congreso del Estado transforma el Instituto Científico y Literario en la Universidad de San Luís Potosí, dándole autonomía de gobierno. La Universidad quedó integrada por las escuelas Preparatoria, Jurisprudencia, Medicina, Ingeniería, Química y Enfermería. Posteriormente, en 1934 el congreso estatal ratifica la autonomía de la Universidad, que cambia su nombre a Universidad Autónoma de San Luís Potosí.
Otras universidades estatales en México se gestaron igualmente en el siglo XX a partir de colegios de estudios profesionales o de institutos científicos y literarios del siglo XIX. Este es el caso de la Universidad de Guanajuato, la Universidad Michoacana y la Universidad de Nuevo León, por mencionar algunas.
La Universidad Autónoma de San Luís Potosí se cuenta de esta manera entre las más antiguas del País. Se puede decir incluso que es medio siglo más antigua que la Universidad Nacional Autónoma de México, fundada por iniciativa de Justo Sierra en 1910. Cabe mencionar que, en función de su carácter nacional, algunas veces el origen de la UNAM se lleva hasta la fundación de la Real y Pontificia Universidad en el siglo XVI. Esto, sin embargo, es sujeto de discusión pues transcurrieron 45 años entre el cierre definitivo de la universidad por Maximiliano en 1865 y la fundación de la UNAM en 1910 y cabe la pregunta de si se trata de la misma institución. Además, en 1895 se fundo la Pontificia Universidad de México, que puede igualmente reclamar a la Real y Pontificia Universidad como su antecesora directa.
El papel que los institutos científicos y literarios estatales tuvieron en el desarrollo de la educación superior en México fue ciertamente muy importante, pues dichos institutos dieron origen a un buen número de universidades estatales. El tema, no obstante, no ha sido suficientemente explorado y requeriría de una mayor reflexión.
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